Shared Flashcard Set

Details

Chap 7: Control of Gene Expression part 1
Småkage
66
Other
Not Applicable
02/05/2020

Additional Other Flashcards

 


 

Cards

Term
Transkriptionskontrol
Definition
Kontrollerering af hvor og hvor ofte et givet gen bliver transkripteret
Term
RNA processing kontrol
Definition
Kontrolering af splicing pg prossesen af RNA transkription
Term
RNA transport og lokationskontrol
Definition
Valg af hvilket mRNA som er expoteret fra nukleus til cytosol og bestemmelse af hvor i cytosol den er lokaliseret
Term
Translational kontrol
Definition
Vælgelsen af mRNA i cytoplasm er translatere af ribsomet
Term
mRNA degradation kontrol
Definition
Selektiv destabilisering af mRNA molekyle i cytoplasm
Term
Protein aktivitet kontrol
Definition
Selektiv aktivering, inaktivering, degrading eller lokalisering af specifik protein molekyle
Term
Hvorfor er transkrptional kontrol så vigtig?
Definition
Den skal sørger for at cellen ikke synthelisere overflødige intermediater

[image]
Term
Transkriptions regulator
Definition
Et protein som genkender specifikke sekvenser af DNA'et - typsik 5-10 nukleotider par i længde. Kaldes ofte for cis-regulatory sekvens.
Term
Hvilke overvejelse er der, når et gen skal transkripteres?
Definition
Positionen, identiet og opsætningen af cis regulatorisk sekvenser - som er en vigtig del af information af genomet.
Term
DNA i kromosom indeholder?
Definition
En lang dobbelt helix med major og minor groove
[image]
Term
Hvordan genkender transkription regulator DNAet?
Definition
DOuble helix ydre finder man DNA sekvens information som transkription regulatoren genkender.
- Kanten af hver base par repræsentere et distictive pattern af hydrogenbånd donere, acceptere og hydrofobisk lapper i minor og major groove.
Term
Hvad er sammenhængen mellem major groove og transkription regulator?
Definition
Fordi major groove er breder, og fremstilling af flere molekyler genkende større end i minor groove. Derved findes der flest transkriptions regulator i major groove.
Term
BInding af transkription regulator til specifik DNA sekvens
Definition
Genkender forskellige nukleotime sekvenser. Binder med hydrogen, elektron, hydrofobisk --> Højere affinitet for den specifikke sekvens. De forskellige interaktioner kan også binde sig til andre sekvenser, som ikke har en høj affinitet.
- Mange transkription faktor binder med dimer
[image]
Term
Transcription factors recognize specific sequences in DNA
Helic turn helix protein
Definition
Helix protein: To alpha og recognition helix har kontakt med major groove
[image]
Term
Homeodoimain protein
Definition
- Three α-helices tightly packed by hydrophobic interactions .
- Helix 2 and 3 are very similar to helix-turn-helix proteins connected.
- The recognition helix makes contacts with in the major groove.

[image]
Term
Recognition helix
Definition
C-terminal helix fordi den fatter in til major groova af DNA --Z Dens aa sidekæde er forskellige for andre proteiner, hvilket har en vigtigt rolle af genkendelse af specifikke DNA sekvenser til der hvor proteinet binder.
Term
LEUCINE ZIPPER PROTEINS
Definition
To helices, en fra hver monomer hæftes sammen til formelse af coiled-coil af hydrofobiske interaktioner mellem aa (ofte leucine)
En helix med hydriofobisk aa I den ene side, og den anden aa vil gå tættere sammen mod aa. Så de forskellige aa er forskellige
- Danner en Y form struktur af de to alpha helices, og derved vil side kæderne kontakte major groove af DNA.
[image]
Term
β SHEET DNA RECOGNITION PROTEINS
Definition
A two-stranded β-sheet forms the interaction interface with the major groove. aa kæden læser informationen på overfladen af major groove. β-sheet kan genkende mange forskellige DNA sekvenser

[image]
Term
ZINC FINGER PROTEINS
Definition
Der er en eller flere zinc - jo flere jo bedre specificitet
Term
HELIX-LOOP-HELIX PROTEINS
Definition
Indeholder en kort helix med loop. Fleksibiliteten af loop tillader en helix til at folde tilbage og holde mod andre formende dimerization overflader.
[image]
Term
Dimerization increases affinity and specificity
Definition
-The bigger the letter, the higher important for det sekvens
-Interkatione mellem de to komponenter af dimer. Interaktioner hjælper bindingen mellem protein til DNA.
- Transcription factor affinity and specificity is increased by dimerization.
[image]
Term
Transkription regulato binder cooperatively til DNA. Sandt eller falsk? Og hvordan vil kurven se ud?
Definition
Sandt. Kurven har den signifikante sigmoid struktur, når proteiner binder til DNA cooperatively.
The two transcriptionsfaktor doesn't always interact. Men de to molekyler skal kunne interagere sammen, hvor de kan binde sig på regulator elementet og dermed få en sigmoid
[image]
Term
Cooperative binding
Definition
Ranken af koncentration af transkription regulator
Term
Cooperative binding of transcription regulators to DNA
Definition
Sker ofte fordi monomers har en svag affinitet for hinanden.
Term
Den indirekte mekanismine for kooperative binding
Definition
Kommer fra nukleosome strukturen af eukaryote kromosomer
Term
Transkription regulator bindes til DNA i nucleosome med lav eller høj affinitet
Definition
Lav affinitet
Term
Forklar de to årsager for regulator binder til DNA med lav affinitet end for naked DNA
Definition
1. Overfladen af cis-regulatorisk sekvens genkendes af transkription regulator som vender indad på nukleosomet mod histone core og derfor ikke klar til til regulator proteinet.

2. Hvis overfladen af cis regulator sekvens er udsat på ydresiden af nukleosomet, så vil mange transkription regulator svagt ændre konfirmationen af DNA når den binder og disse ændringer er generelt modsat af tight wrapping af DNA om histon core.
Term
Hvordan kan vi øge affiniteten af second transkription regulator ?
Definition
Hvis regulator proteiner når ind til DNA af nukleosme og forhindre DNA fra at binde tæt rundt om nukleosome core, så vil den øge dens affinitet af second transskription regulator nær cis regulator sekvens.

[image]
Term
Trytophan repressor swiches genes off. Sandt eller falsk?
Definition
Sandt
Term
Hvis der er lav konc. af tryptophan, hvad så?
Definition
Så bliver operon transkripteret. mRNA bliver translateret til at producere et full det af enzymer, som derved hjælper med synthelisering af tryptophan fra simple molekyler.

RNA polymerasen binder til promoter og transkribere fem gener af tryptophan operon.
Term
Hvad sker der når der er højt konc. af tryptophan
Definition
Repressor protein bliver aktiv og binder til operator hvor den blokerer bindingen af RNA polymerase til promoter.
Term
Tryptophan repressor kaldes også for
Definition
Transkriptional repressor protein, når den under aktive stadie slukker genet af eller represser dem.
Term
Transkriptional activator proteiner
Definition
En promoter som er kontrast til promoter for tryptophan operon og binder kun til RNA polymerase
Term
Hvad intergere tryptophan repressor med når den binder til DNA?
Definition
Aktivator proteinet CAP binder til cAMP før den binder til DNA
Term
Lac operon
Definition
Protein som er importere og fordøjer laktose.
Term
Når glukose er til stede, hvad sker der så?
Definition
Bakterien laver cAMP som så aktivere CAP til at switch on gener som så udnytter carbon molekyler som f.eks. laktose.
Term
DNA looping sker under bakteriel gen regulation. Sandt el/ falsk?
Definition
Sandt
Term
CAP protein kan være to ting, som hvad?
Definition
Kan både være repressor og en aktivator afhængig af hvilken position den har på sekvensen relativ på promoteren.
Term
Hvor vil man hyppigst finde DNA looping i eukaryote celler?
Definition
Primær finde regulationer nær hver eukaryotic gen.
Term
Hvad afhænger for at bakterien gener kan bliver transkripteret ?
Definition
Den specifikke cis-regulatoriske sekvens, som læses af transkription regulation som binder til dem
Term
Hvad sker der når transkription regulatoren er bundet til DNA'et?
Definition
Positiv transkription regulator (activator) hjælper RNA polymerase begynder at transkriptere gener og negativ regulator (respressor) bloker dette for at ske. (Modsat virkning)
Term
Hvor vil vi finde de intermediate proteiteiner (interaktioner som altid ligger indirekte eukaryote)
Definition
Inklusiv histoner, så vil de findes mellem DNA bundet transkription regulator og RNA polymerasae
Term
DNA looping tillader hvad i transkriptionen i eukaryote?
Definition
Tillader DNA bundet regulatorisk protein at intergere med hinanden og som ultimate med RNA polymerase ved promoteren.
Term
Hvilken rolle har RNA polymerase II ?
Definition
Transkriptere alle protein kodende gener og mange noncoding RNA gener.
Term
Gen control region?
Definition
Beskriver hele omfanget ag DNA inklusiv regulation og initiation transcription factor og polymerase fastgøres.
Term
Cis regulatoriske sekvens
Definition
Hvor transkription regulatoren binder for at kontrollere raten af fastgørelsen proces af promotoren
[image]
Term
General transkription factor
Definition
Talrige proteiner som er hæftet til promotere hvor alle gener transkripteres af RNA polymerase II.
Term
TRanskription regulator
Definition
Tillade indivinduelle gener til at tænde eller slukkes.
Term
NÅr transkription regulatorene binder til cis regulatory sekvens, hvad bindes derved også?
Definition
Multisubunits proteiner som er coaktivatore og co-repsressor som også hæftet til DNA med regulatorene.
Term
Funktion af Co-activator og co-repressor og hvilken interaktion er dette?
Definition
Kan ikke genkende den specifikke DNA sekvens selv, men bliver bragt til de sekvenser af transkription regulator for at skulle aktivere transkriptionen og co-repressors.
- Protein protein interaktion mellem regulatoren og coactivatoren
Term
Enhancer
Definition
Der hvor transkriptionen starter når activator binder til cis regulatory sekvens
Term
Activator proteiners funktion på transkriptionen
Definition
Den skal hæfte og positionen af RNA polymerasen II ved promoter og herved til frigivelse så transktiptionen kan begynde.
Term
Hvordan sikre man DNA er mere tilgængeligt i eukaryotic trnaskription ?
Definition
Tranksription acticators promoter transkription ved af lave ændringer til kromosom strukturen af promotoren via kovelente histone modifiktioner, hvor nuklesomet fjernes ( kromatin remodeling komplex) og histone bliver erstattet, og derved er DNA mere tilgængeligt. 386
Term
Eukaryotic transcription activators bruger fire mekanismer til at gøre DNA mere tilgængeligt, hvilke?
Definition
1. Hæfter coaktivator samt histone modifiktion enzymer
2. ATP dependent kromatin remodeling komplex
3. Histone chaperones
4. Som hver kan ændre kromatin strukturen af promoters
Term
Hvordan kan trnaskriptionen af genet ellers også starte?
Definition
1. Når DNA bundet transkription activator frigiver RNA polymerase fra promoter
2. Activator binger en kromatin remodeling kompleks ind som fjerner nukleosomet som blokere til slongating RNA polyemrase. Dette kan også forståes som at activatoren kommunikere med RNA polymerase (typisk via coactivator)
3. Gen activator er læsningen af disse factor i RNA polymerase, som kan blive diregeret af DNA bundet transskription activator.
Term
Transkription activatore kan arbejde på forskellige step. Forklar figuren
[image]
Definition
a. Direkte interaktion med kromatin remodeling
b. Oprettelsen af førinitering (Optagelsen) kompleks
c. Frigivelse af stalled RNA polymerase på promoteren
d. Promoting elongation --> Løsladelsen af RNA polymerasen
Term
Transcription factors can act synergistically og det menes?
Definition
Kombinationen af effekt er større end summen af effekt.
Term
Transkriptional synergy findes ved?
Definition
Findes mellem activator protein men også mellem transskription aktivator fra samme organisme.
Term
Der er seks mulige måder for eukarotic repressor proteiner kan operater
[image]
Definition
A. Activator proteiner og repressor proteiner konkurrer for binding til det regulatory DNA sekvens
B. Begge proteiner binder til DNA; men repressor forhindre aktivator fra at bære ud dens funktion
C. Repressor blokere mødes med transkription faktorer.
D. Repressor tilføjer kromatin remodeling komcplex som tilbagebringer nukleosom stadiet af promotoren til dens foregående transkriptional form.
F. Repressor hæftes af histone methyl transferase
Term
Forklar figuren
[image]
Definition
Forskellige sets af trnaskription reuglatore, coaktivator og co-respressor kan arbejde sammen til influence transskription optagelse ved promotoren.
Term
Forklar figuren
[image]
Definition
Term
Forskellige måder over hvilken aktivitet af transkription regulator kontrolleres inde i eukaryotic celler
[image]
Definition
A. Protein er syntheqiseres kun når der er behov
B. Aktivering af ligand binding
C. Aktivation af kovalent modifikation
osv.
Term
Hvad kontrolleres udviklingen af gen kontrol expressionen
Definition
TRanskription regulator kontrollere kombinationen af gen depressionen af det individuelle gen.
Term
Kombinationen af gen kontrol har en effekt på?
Definition
Tilføjelsen af nye tranaskription regulator til en celle, da det er cellens forrige historie som beskemmer hvilke transkription regulator cellen nu har. 396
Term
Celle memory
Definition
Den hastigstiende celle må bevare dens identitet - Mønsteret af gen ecpression er har som opgave for den identitet at skal blive husket og passeret videre til dens datter celle via celledeling.
Term
Hvordan sikre man datter cellen huskes?
Definition
Positiv feedback loop: Hvor en master celle type transcription regulator aktivere transkriptionen af dens egen gen
- For hver celledeling, så vil regulatoren fordele til både datter cellen hvor den konstant vil stimulere positiv feedback loop[image]
Supporting users have an ad free experience!