Term
| preguntas básicas del análisis de los datos obtenidos con las micromatrices |
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Definition
¿Qué genes responden al tratamiento?
¿Qué genes se regulan del mismo modo (co-regulados)?
Encontrar nuevos genes involucrados en un proceso conocido
Buscar elementos regulatorios comunes
Encontrar genes que se correlacionan con un tipo de tejido o condición |
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Term
| ¿Cómo definir/medir las interacciones? |
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Definition
Lista de partes
Mapas estructurales de los genes
Mapas de expresión genética
Mapas de interacción |
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Term
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Definition
Medida de similitud muy utilizada porque normaliza por valores de expresión absoluta
Es indicativa de una respuesta coordinada en una serie de mediciones |
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Term
| Ruido y dirección no pendiente |
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Definition
slant up is positive, slant down is negative
a line is 1
more noise is lower value
other shapes/all noise is 0 |
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Term
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Definition
El sistema de doble híbrido en levadura se ha utilizado para identificar las interacciones entre proteínas a gran escala en varios organismos modelo
Esta información proporciona un andamio para entender cómo funcionan las redes de proteínas dentro de la célula
Aunque lejos de estar completos, estos mapas han revelado características topológicas y dinámicas globales de las redes de interacción que relejan propiedades biológicas conocidas |
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Definition
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Term
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Definition
Cuando la mutación de dos genes produce un efecto (fenotipo) que no se observa con la mutación de cada gen por separado
Existen distintos tipos de interacciones genéticas
ejemplos:
--letalidad sintética
--supresión |
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Term
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Definition
| cuando dos mutaciones producen letalidad |
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Term
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Definition
| cuando una segunda mutación suprime el fenotipo causado por una primera mutación |
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Term
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Definition
synthetic genetic array
una mutación consulta se cruza a una arreglo ordenado de casi 5000 mutaciones de deleción viables (representa casi 80 por ciento de los genes de la levadura)
se puede analizar defectos en la sobreviva y-o fitness de la progenie meiótica con ambas mutaciones
este análisis se ha automatizado y se puede adaptar para distinto tipos de análisis de interacciones genéticas
esta tecnología ha permitido identificar miles de interacciones genéticas en levadura |
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Term
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Definition
| hacer ciencia reduccionista con técnicas genómicas. en estos momentos, las técnicas genómicas no siempre entregan el detalle molécula a molécula que se obtiene con técnicas tradicionales. el propósito es determinar tendencias generales o patrones globales |
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Term
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Definition
| genes que se regulan del mismo modo en respuesta a un estimulo |
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Term
| interacciones metabólicas |
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Definition
| cuando factores participan en la misma vía metabólica |
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Term
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Definition
| cuando dos factores interactúan fisicamente |
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Term
| interacciones regulatorias |
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Definition
| cuando un factor regula la función de otro (factor de transcripción que activa un gen blanco) |
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Term
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Definition
| cuando la mutación de dos genes produce un efecto (fenotipo) que no se observa con la mutación de cada gen por separado |
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Term
| interacciones funcionales |
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Definition
| cuando dos genes comparten un función |
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Term
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Definition
"cluster analysis"
dada una colección de objetos, agrupar los objetos de acuerdo a su PARECIDO
agrupando entidades complejas como humanos o resultados obtenidos con micromatrices no es simples
datos obtenidos con micromatrices son complejos porque cada gen tiene un valor en muchos experimentos |
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Term
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Definition
el enfoque reduccionista ha producido gran cantidad de conocimiento sobre los componentes celulares y sus funciones
las funciones biológicas rara vez se explican por la acción de sólo una molécula
la mayoría de las características biológicas emergen de las interacciones entre los numerosos constituyentes celulares
DESAFÍO : entender la estructura y la dinámica de la compleja red de interacciones celulares ---- redes moleculares |
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Term
| una "red"compuesta por... |
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Definition
| "nodos" y "arcos" que los conectan |
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Term
| en matemáticas, una red es... y se define como... |
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Definition
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Term
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Definition
grafo etiquetado, conectado
en una red molecular, los vértices tienen nombres y son finitos |
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Term
| un grafo dirigido tiene... |
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Definition
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Term
| un grafo ponderado contiene... |
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Definition
| ponderaciones asociadas con sus arcos |
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Term
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Definition
la conectividad sigue una probabilidad p
grado típico |
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Term
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Definition
no hay un grado que define a la red. muchos nodos tienen grado pequeño, pocos nodos tienen grado elevado.
la distribucion del grado sigue una ley de potencia |
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Term
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Definition
P(k) ~ Ak^y
A es una constante y el exponente y tiene un valor típico 2 |
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Term
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Definition
| en redes libres de escala, nodos con grados órdenes de magnitud mayores que el grado promedio |
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Term
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Definition
| número de arcos que inciden sobre un vértice |
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Term
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Definition
el out-degree es el número de arcos dirigidos que salen, y el in-degree es el número de arcos dirigidos que terminan en el vértice.
grado total = out-degree + in-degree |
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Term
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Definition
dos vértices son vecinos si hay un arco entre ellos
dos arcos so vecinos si comparten un vértice como punto de llegada |
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Term
| coeficiente de clustering |
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Definition
| razón entre el número de arcos existentes entre los vecinos y el número de arcos posibles |
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Term
| conectividad (nodirigido) |
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Definition
| dos vértices están conectados si hay un camino que los incluye |
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Term
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Definition
| dos vértices están conectados si hay un camino desde el primero al segundo |
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Term
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Definition
| es un subset de vértices y los arcos del grafo original que los conecta |
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Term
| nodirigido: un componente conectado |
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Definition
| un subgrafo en el cual cada par de vértices está conectado |
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Term
| dirigido: un componente fuertemente conectado |
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Definition
| un subgrafo en el cual cada pair de vértices está conectado en ambas dirreciones |
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Term
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Definition
| un componente conectado que no es un subset de otro componente conectado |
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Term
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Definition
| una secuencia de vértices en los cuales vértices sucesivos son vecinos |
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Term
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Definition
| una secuencia de vértices en la cual entre cada par de vértices sucesivos hay un arco dirigido desde el primero al segundo |
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Term
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Definition
| no repite vértices o arcos en la secuencia |
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Term
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Definition
| un camino simple con el misma vértice al comienza y al final |
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Term
| distancia o largo del camino |
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Definition
| número de arcos en el camino más corto que conecta dos vértices |
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Term
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Definition
| distancia mas grande de la red |
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Term
| ejemplos de redes libres de escala |
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Definition
internet
redes sociales
redes genéticas
redes de ciudades en EEUU |
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Term
| qué modelo explica que organismos vivos no presentan fenotipos por la mayoría de las mutaciones efectuadas al azar, y porque?? |
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Definition
redes libres de escala
porque la mayoría de los nodos están conectados débilmente a la rad
sin embargo, mutaciones que afectan los HUBS son letales o provocan defectos severos |
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Term
STUDY FUNCIONAL RELATIONSHIPS
SLIDE 39 |
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Definition
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Term
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Definition
a graph is a mathematical represnetation that contains
VERTEX v
EDGES e |
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Term
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Definition
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Term
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Definition
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Term
| social networks exhibit... |
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Definition
homophily
triadic closure
both produce structured networks in social relationships |
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Term
| orthologous protein family... |
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Definition
perform the same biological function
have the same biological oligomeric state |
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Term
| what kinds of networks are performed by protein ion pairs? |
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Definition
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Term
| ion pairs architecture follows... |
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Definition
| the power law distribution |
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Term
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Definition
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Term
| does ion pair network evolution follow the principle of maximum entropy? |
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Definition
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Term
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Definition
fractal geometry
small world complex networks are self similar at all decaying |
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Term
| clustering coefficient of thermophiles... |
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Definition
10 A cutoff
higher than mesophile proteins |
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Term
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Definition
| suggests a stringent evolutive environment for thermophyle evolution |
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Term
| la relación entre sequence y structura |
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Definition
| sequence uniquely determines structure |
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Term
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Definition
| when the proteína is folded |
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Term
| structure is ___ conserved than sequence |
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Definition
more
chothia and lesk
holm and sander |
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Term
| computer based protein structure predicion |
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Definition
1. comparative or homology modeling
2. threading or fold recognition
3. ab initio protein structure modeling |
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Term
| why protein structure prediction? |
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Definition
-non local amino acids in the sequence converge near in space into three dimensional structure
-evolution operates more directly over protein´s function. structure determines function more directly than sequence
-protein structure contains more information than sequence |
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Term
| used to build the 3D model? |
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Definition
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Term
| type of errors in comparative models |
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Definition
incorrect template
misalignment
region without a template
distortion in correctly aligned regions
side chain packing |
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Term
| used to evaluate the 3D model? |
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Definition
| statistical potentials (energy profiles) |
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Term
| ley inversa de boltzmann? |
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Definition
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Term
typical structure and parameters of scoring functions:
level |
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Definition
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Term
typical structure and parameters of scoring functions:
type definition |
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Definition
standard amino acids
amino acid types
standard heavy atoms
atom types
etc |
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Term
typical structure and parameters of scoring functions:
interaction |
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Definition
local
non-local
short-range
long-range
non-bonded
etc |
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Term
typical structure and parameters of scoring functions:
feature |
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Definition
distances
angles
contacts
torsions
etc |
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Term
typical structure and parameters of scoring functions:
feature classification |
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Definition
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Term
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Definition
local
non-local
non-bonded
non-disturbed interaction in vacuum
disturbed interaction
long-range interaction
short-range interaction |
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Term
| distance dependent scoring functions |
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Definition
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Term
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Definition
derived from a set of representative protein structures
covers the whole known protein structural space
independent of the model fold |
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Term
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Definition
each one is derived from a set of structures with the same fold
combines protein structural space and sequence known space
specific for each known fold
new approach not described elsewhere |
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