Term
|
Definition
| Kan udveksle både energi & indhold m. dens surroundings |
|
|
Term
|
Definition
| Udveksle energi, men IKKE indhold med surroundings |
|
|
Term
|
Definition
| Udveksle IKKE enten energi eller indhold |
|
|
Term
|
Definition
Energi kan udveksles mellem lukket og dens surroundings under work eller via processen kaldes for "varme"
- Temp forskel mellem system & surroundings
- Ikke en form for energi |
|
|
Term
|
Definition
| Et system som overfører energi som varme til dens surroindings |
|
|
Term
|
Definition
| System absorbere varme fra dens surroundings |
|
|
Term
|
Definition
| Væggene opnår ikke varme - selvom der er temperatur forskel. |
|
|
Term
|
Definition
| Væggene opnår varme ved overførsel af energi |
|
|
Term
| Når det fås afvide et arbejde er expansion og derved er arbejdet isotherm. Det betyder? |
|
Definition
| Der bliver ikke udført arbejde, og W vil derfor være 0. Samt er den indre (dU) værdi 0. |
|
|
Term
|
Definition
|
|
Term
|
Definition
Process of moving against an opposing force
- er ikke en form for energi |
|
|
Term
|
Definition
|
|
Term
|
Definition
Hvor vi gør af vores observationer
Example: Uanset hvilke ændringer der bliver foretaget på systemet, som f.eks. et vandbad hvoraf der vil være ændring på energi i systemet. Så vil temperaturen på surroundings fortsat være konstant.
- Konstant temp, volumen & pressure uanset hvad systemet udsættes for |
|
|
Term
|
Definition
| - KOnstant temrperatur, mens varm og arbejde kan godt ændre sig |
|
|
Term
|
Definition
- Når et system ekspanderes/udvider mod et modsat tryk
[image] & [image]
dV= Forskel af volumen
[image] = Konstant ydre tryk
W= work |
|
|
Term
|
Definition
Varmen afhænger af temperaturen, dT
[image]
q er energi overførslen |
|
|
Term
|
Definition
Er ekvivalente måde at overføre energi ind eller ud af systemet
- Varme og arbejde er det samme |
|
|
Term
|
Definition
- Summen af alle kinetisk og potential energi bidrag til systemet.
- Den totale energi af systemet m. en værdi som afhænger af temperatur samt tryk.
- Varme under konstant V
- En state function
• Energien af en gas falder når pistonen udvides, og derved vil temperaturen af gasen falde når gasen udvides.
• Ved frigivelse af piston vil den spontan bevæge sig op, fordi gasen inde i pistonen har et højt tryk. Men energien af gasen vil ikke ændres under udvidelse. |
|
|
Term
|
Definition
- Afhænger af den indre energi af temperaturen. F.eks. når temperature er 0 K, så må energien også være 0J
- PV=nRT (Ideal gas lovs formlen)
P er trykket
V er rumfanget (Volumen)
N er stofmængden
R er gaskonstanten
T den absolutte temperatur |
|
|
Term
|
Definition
- Internal energi af et isoleret system bevares konstant
[image]
• q er positiv hvis: Varmen transporteres til systemet
• w er positiv hvis: arbejde er gjort på systemet
q er varme udskillelsen mellem system og dens omgivelser
w er arbejde |
|
|
Term
|
Definition
• Varm under konstant P
• H = U + pV
• State function |
|
|
Term
| Heat capacity under konstant tryk |
|
Definition
|
|
Term
| Forskellen mellem molar varme kapacitet af perfekt gas |
|
Definition
[image]
Varme kapaciteten mellem to gasser, hvoraf man finder ideal gas loven (R) |
|
|
Term
|
Definition
• Uorden: Spredning af energi eller indhold i termodynamik
• Den er altid positiv
- T∆S |
|
|
Term
|
Definition
Entropien af et isoleret system vil øge
Entropiændring
[image]
Lille ændring i S er lig med en lille ændring i transporteret varme, hvilket er reversibelt, divideret med den absolutte temperatur (T). |
|
|
Term
| Ændring i entropi i temperatur |
|
Definition
[image]
Lille ændring i S er altid større end transporten af varme divideret med den absolutte temperatur. Denne kan ikke benyttes til at beregne S. |
|
|
Term
| Entropi ændring af faseovergang |
|
Definition
• Entropi øges når der sker smeltning og fordamper (vaporizes) -> Pga. mere uorden
• Overførsel af energi som varme er reveribel ved smelte temperatur f.eks. når man varme vand, men efter sætter det i køleskabet (Reversibel)
• Hvis, temperaturen af surroundings er lavere end systemet, så vil energien flyde ud af systemet som varme og substansen vil fryse. |
|
|
Term
| Varme kapacitet under fase overgangen |
|
Definition
Enhalpi og volumen stiger når den møder fase overgangen.
Hydrogen forbliver i vand fasen fordi den er linket til hydrogen bindinger. Når der sker en faseovergang, vil hydrogen bindingen brydes som er de bindinger som holder molekylet sammen i vand. |
|
|
Term
| Faseovergang: Unfolding protein |
|
Definition
Foldet og ufoldet er to forskellige stadier. – Når temperaturen stiger stiger enthapi også. På et tidspunkt sker der unfoldning, fordi temperaturen stiger for meget så aminosyrene ikke kan fungere. Al energien bliver brugt til at bryde hydrogen bindingerne og van der Waals interaktioner som holder strukturen stabil og foldet.
[image] |
|
|
Term
|
Definition
Den frie energi
G=H-TS
Alle er state funktioner
- Jo større entalpi jo større Gibbs energi
- Jo større entropi jo mindre Gibbs energi |
|
|
Term
| Gibbs energi og non expansion work |
|
Definition
|
|
Term
|
Definition
|
|
Term
|
Definition
∆G<0
- When ΔS > 0 and ΔH < 0, the process is always spontaneous as written.
- When ΔS < 0 and ΔH > 0, the process is never spontaneous, but the reverse process is always spontaneous.
- When ΔS > 0 and ΔH > 0, the process will be spontaneous at high temperatures and non-spontaneous at low temperatures.
- When ΔS < 0 and ΔH < 0, the process will be spontaneous at low temperatures and non-spontaneous at high temperatures |
|
|
Term
| Sammenlægning af Gibbs energi |
|
Definition
|
|
Term
| Faseovergang = G er spontan |
|
Definition
| Fase 1 til fase 2 – så skal Gibbs energi være mindre mindre end fase 1, før den er spontan. |
|
|
Term
|
Definition
Graf over
• Temperatur og tryk
a) Fase boundaries:
• Damp trykket øger temperaturen, når temperaturen øges
[image] |
|
|
Term
Smelte temperatur
= Væske og solid fasen |
|
Definition
| Fordi substanten smelter i den samme temperatur som den fryse, så er smelte og fryse temperaturen det samme. |
|
|
Term
| Smelte temperature [image] |
|
Definition
| Smeltningen øger styrken og antallet af intermolekylære og interaktioner i molekylet. |
|
|
Term
| Denaturering =cooperative process |
|
Definition
| Biopolymer bliver modtagelige for denaturere processen. |
|
|
Term
|
Definition
| Transition Fra høj til lav |
|
|
Term
| Fase transition I membrane |
|
Definition
Ses som en smeltende gel til luqiud crystaler
Membranen indeholder
• C=C bindinger
• I andre tilfælde C-C bindinger only |
|
|
Term
|
Definition
Det gælder
• At vi kender den partiale molar Gibbs energi af en mixture
• Skal kende Gibbs energi af substance A og B (mixturen) -> Derved beregne den totale Gibbs energi
[image]
Partial molar Gibbs energi er det man kalder chemical potential
[image]
Det gælder nu
μ_A : Chemical potentiale af A I mituren
μ_B: Chemical potentiale af B |
|
|
Term
|
Definition
| Damp trykket som findes af systemet og dens omgivelser til at opnå en højere entropi |
|
|
Term
Formel: Kemisk potentiale for solvent for en ideal opløsning
Solute(liquid)
solvent(solid) |
|
Definition
|
|
Term
|
Definition
Egenskaber ved opløsninger, der afhænger af forholdet mellem antallet af opløste partikler og antallet af opløsningsmiddelmolekyler i en opløsning og ikke af arten af de kemiske arter, der er til stede.
• Ingen påvirkning på enthapli af opløsningen
• Men påvirker entropi for når dS>0 når en opløsning genstand (salt) blandes i en ideal opløsning opnås følgende
I. Sænker fordampningen
II. Hæver kogepunktet
III. Mindsker fryse punktet
IV. Hæver det osmotiske tryk |
|
|
Term
|
Definition
Det osmotiske tryk af opløsningen er protportional til koncentrationen af opløsning.
• Opløsning bevæger fra venstre til højre
Osmotisk tryk = det tryk der skal til for at der ikke sker transport over membran.
Beregning af de osmotiske tryk:
Π[image] |
|
|
Term
|
Definition
|
|
Term
| Ændring i fryse- og smeltetemperatur. |
|
Definition
|
|
Term
|
Definition
| Den spontane ændring under konstant temperature og tryk, så vil dG<0. |
|
|
Term
|
Definition
|
|
Term
| Change in Gibbs free (Free enthalpy) |
|
Definition
|
|
Term
| Definitionen af ligevægts konstant |
|
Definition
|
|
Term
|
Definition
|
|
Term
|
Definition
[image]
Reaktion: Reaktant --> product |
|
|
Term
Adiabatic expansion
Isothermal expansion |
|
Definition
[image]
Adiabatic:
• kan ikke udveksle varme eller stof med omgivelser
• systemet er isoleret
• drop in temperatur and Ekin
Isothermal:
• kan afgive og optage varme med omgivelserne (heat bath)
• Konstant T
• Ekin konstant |
|
|
Term
|
Definition
| man bevæger stemplet så langsomt at gasmolekylerne har tid til at "vænne sig" til ændringen - tid nok til at ækvelibrere. |
|
|
Term
| Covalent bonds energies are modeled by Morse potential |
|
Definition
[image]
r0 is the optimal bond length and Kb is known as the force
constant. |
|
|
Term
| Electrostatic interactions are governed by Coulomb’s law |
|
Definition
[image]
where qi and qj are the charges on the two atoms, and rij is the distance separating them. The parameter ε0 is known as the permittivity of vacuum |
|
|
Term
|
Definition
| Enzymer, antigener til antistoffer, hormoner |
|
|
Term
|
Definition
| Genkendelsen af en binding af en hydrofobiske binding. |
|
|
Term
| Dissociations konstant (Kd) |
|
Definition
Når ligand koncentrationen af større end Kd så er mætningen fuldstændig
Relateret til den Gibbs frie energi med en relation med
[image] |
|
|
Term
|
Definition
| Mere end et ligand bindingssite |
|
|
Term
|
Definition
Kun ét bindingssite
[image] |
|
|
Term
|
Definition
1. High affinity binding: Øger det hydrofobiske ligand
2. Specificity: Hydrogen bindings interaktionen |
|
|
Term
|
Definition
|
|
Term
|
Definition
Association konstanten
[image] |
|
|
Term
| Standard fri energi ændring, ΔGo |
|
Definition
|
|
Term
|
Definition
Dissociation konstant
[image] |
|
|
Term
|
Definition
|
|
Term
|
Definition
KD værdien binder til ligand koncentationen når proteinet er half saturated.
når ligandkoncentrationen er lig i størrelse med dissocieringsværdien
konstant.
[image] |
|
|
Term
| Binding isotherm / binding kurve |
|
Definition
| Fractional saturation som en funktion af ligand koncentrationen under konstant temperatur |
|
|
Term
| Fraction, f, of the protein that is bound to the ligand |
|
Definition
[image]
The fraction of the protein that is not bound to ligand is given by 1 − f |
|
|
Term
|
Definition
To eller flere ligander binder til et protein og derfor stykrer proteins bindings affinitet, og derved gør bindingssitet åbent.
[image] |
|
|
Term
|
Definition
Når liganden lukker for bindingssitet
[image] |
|
|
Term
|
Definition
Der er tale om to stadier henholdsvis
• R (relax)
• T (Tense)
Begge stadier kan binde sig til liganden, mens den med mest signifikant sigmoid form har størst affinitet hvilket er R stadie. |
|
|
Term
|
Definition
|
|
Term
|
Definition
|
|
Term
|
Definition
|
|
Term
A reaction in
which an intermediate, B, is formed, that then goes on to product, C |
|
Definition
|
|
Term
| A reversible unimolecular reaction |
|
Definition
[image]
where kf and kr are the rate constants for the forward and reverse reactions |
|
|
Term
|
Definition
At steady state, the concentrations of metabolites before
the slowest step will be higher than those after the slowest step.
[image]
At steady state, the concentrations of metabolites before
the slowest step will be higher than those after the slowest step.
Steady state er ikke lig med ligevægt. Koncentrationer holdes måske konstant i steady state, men der kommer hele tiden reaktanter og produkter ind og ud. Inflow og outflow er blot det samme i steady state.
Et steady state system kan udføre arbejde, fx kan drive andre kemiske eller fysiske processer i en celle.
Der kommer et konstant plateu når inflow = outflow. |
|
|
Term
| Elektrostatiske bindinger |
|
Definition
| binding mellem ladede molekyler. Enten ioner eller polære interaktioner. |
|
|
Term
|
Definition
| Konkurrere om bindingssite |
|
|
Term
|
Definition
| Bindingstrinene er en bimolekylær, da den ene retning er bimolekylær og den anden er monomolekylær |
|
|
Term
|
Definition
[image]
Man kan stadig lave differentialligninger med flere reversible trin. For alle ligevægts reaktioner kan man opstille en ligevægtskonstant (q) |
|
|
Term
| Overall net equilibrium constant |
|
Definition
[image]
Den overordnede ligevægt (K) er lig med produktet af de enkelte konstanter (gælder for lineære reaktionsveje). K = S3/S0 (det sidste og første substrat |
|
|
Term
|
Definition
[image]
Lokal samling af substans - vil ikke fortsætte sådan grundet diffusion. Vil fordele sig ligeligt, flere måder at ordne sig på => højere entropi.
Processen kan også ske med en membran - hvis der er fri passage over membranen vil molekylerne også fordele sig ligeligt. Man opnår ligevægt, hvor molekylerne stadig bevæger sig frem og tilbage, men påvirker ikke koncentrationen på hver side af membranen (netto).
Gradient: koncentrationsforskel over fx en membran. |
|
|
Term
|
Definition
Number of molecules moving across the plane per second, per unit area
[image] |
|
|
Term
|
Definition
|
|
Term
The diffusion equation
Passiv transport |
|
Definition
|
|
Term
|
Definition
|
|
Term
|
Definition
| Værdi afhænger af opløsningen og dens interaktioner med med den anden opløsning. |
|
|
Term
|
Definition
|
|
